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的阿敏前后夹击。
天启七年四月，也是“丁卯之役”战况正激之时，蓟辽总督阎鸣泰上奏折，称颂魏忠贤的功德，并要求在宁远、前屯两地为魏忠贤修建生祠，作为下属的袁崇焕也只得联名上奏。大明熹宗实录记载“蓟辽总督阎鸣泰巡抚袁崇焕疏送魏忠贤生祠”。
编辑本段宁锦大捷
天启七年即天聪元年1627年五月初六日，后金皇太极，以“明人于锦州、大凌河、小凌河筑城屯田”，没有议和诚意为藉口，亲率数万军队，谒堂子，出沈阳，举兵向西，进攻宁远锦州。
十一日，后金军至锦州，距城一里，四面扎营布兵，将锦州城包围。时明太监纪用、总兵赵率教驻锦州，负责筑城、守城。当后金兵将至时，左辅等人，撤入锦州，凭城固守。皇太极得报后，传令攻城。后金兵攻城数日，伤亡惨重，别无所获。
十六日，明辽东巡抚袁崇焕派人送给纪用、赵率教的书信被后金兵截获，内称“调集水师援兵六七万，将至山海关，蓟州、宣府兵亦至前屯，沙河、中后所兵俱至宁远。各处蒙古兵，已至台楼山”云云。皇太极信以为真，即收缩围锦兵力，聚集于城西，以防明援师。
至二十六日，后金军已围城15日不克，人马疲惫士气低落。
二十七日，后金军分兵为两部：一部继续留驻锦州，在锦州城外凿三道濠，加以包围；另一部由皇太极率领官兵数万，往攻宁远。
辽东巡抚袁崇焕提出：“坚壁固垒，避锐击惰，相机堵剿。”总督蓟辽、兵部尚书阎鸣泰题奏：“今天下以榆关为安危，榆关以宁远为安危，宁远又依抚臣为安危，抚臣必不可离宁远一步。而解围之役，宜专责成大帅。”此奏，得旨：“宁抚还在镇，居中调度，以为后劲。”朝廷为确保宁远，不允许袁崇焕亲自率领援兵，前往救援；而令满桂、尤世禄、祖大寿等率军一万，驰援锦州。
二十八日，辽军与后金军在宁远城，展开激烈的攻守战。袁崇焕列重兵，阵城外，背依城墙，迎击强敌。皇太极欲驰进掩击，贝勒阿济格也欲进战；大贝勒代善、二大贝勒阿敏、三大贝勒莽古尔泰“皆以距城近不可攻，劝上勿进，甚力”。天聪汗皇太极对于三位大贝勒的谏止，怒道：
“昔皇考太祖攻宁远，不克；今我攻锦州，又未克。似此野战之兵，尚不能胜，其何以张我国威耶”
明辽军与后金军两支骑兵，在宁远城外展开激战，矢镞纷飞，马颈相交。明总兵满桂身中数箭，坐骑被创，尤世威的坐骑也被射伤；后金贝勒济尔哈朗、萨哈廉及瓦克达俱受伤。两军士卒，各有死伤。
明军骑兵战于城下，炮兵则战于城上。袁崇焕亲临城堞指挥，“凭堞大呼”，激励将士，齐力攻打。参将彭簪古以红夷大炮击碎八旗军营大帐房一座，其他大炮则将“东山坡上奴贼大营打开”，后金军伤亡重大。明太监监军刘应坤奏报称：“打死贼夷，约有数千，尸横满地”。后金贝勒济尔哈朗、大贝勒代善第三子萨哈廉和第四子瓦克达俱受重伤，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死。蒙古正白旗牛录额真博博图等也战死。后金军死伤甚多，尸填濠堑。
二十九日，后金天聪汗皇太极率军撤离宁远，退向锦州。
辽东巡抚袁崇焕欣喜地奏道：
“十年来，尽天下之兵，未尝敢与奴战，合马交锋。今始一刀一枪拚命，不知有夷之凶狠骠悍。职复凭堞大呼，分路进追，诸军忿恨此贼，一战挫之，满镇之力居多。”
皇太极攻宁远不克，又转攻锦州。
先是二十八日，当后金兵在宁远城下激战之时，锦州的明兵趁后金军主力西进、势单力弱之机，突然大开城门，蜂拥冲杀出来，攻向后金大营，予敌一定杀伤。稍获初胜之后，迅即撤退回城。后锦州战报送到皇太极手里，他感到宁、锦前后、腹背受敌，不得不迅速从宁远撤军。
六月初三日，皇太极向锦州城发起进攻。
初四日，皇太极攻城不下，遂命撤军回营。明总兵赵率教疏报：此役后金兵伤亡“不下二三千”。明镇守太监纪用奏报：“初四日，奴贼数万，蜂拥以战。我兵用火炮、火罐与矢石，打死奴贼数千，中伤数千，败回贼营，大放悲声。”
初五日，凌晨，天聪汗皇太极从锦州撤军。
初六日，辽东巡抚袁崇焕上锦州报捷疏言：
“孰知皇上中兴之伟烈，师出以律，厂臣帷幄嘉谟，诸臣人人敢死。大小数十战，解围而去。诚数十年未有之武功也”
宁锦之战，后金军攻城，明辽军坚守，凡二十五日，宁远与锦州，以全城而结局。明人谓之“宁锦大捷”，载入中国战争史册。
熹宗崩，崇祯即位，魏忠贤被诛。朝臣纷请召袁崇焕还朝。崇祯元年1628年四月崇祯任命袁崇焕兵部尚书兼右副都御史，督师蓟﹑辽，兼督登﹑莱﹑天津军务。七月袁崇焕入都，十四日崇祯帝召见平台。袁崇焕慷慨陈词，计划以五年时间恢复辽东，并疏陈方略，皇帝大喜，袁崇焕复奏掣肘，袁崇焕奏曰“以臣之力治全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里。嫉能妒功夫岂无人即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱岂臣谋”。崇祯纪事二十四日崇祯赐崇焕尚方宝剑，便宜行事。袁崇焕疏谢并陈方略,崇祯赠蟒玉银币,崇焕辞莽玉不受。
袁崇焕于崇祯二年1629五月二十五日自北汛口开洋出海，经大王山风中岛松木岛小黑山大黑山猪岛蛇岛虾蟆岛，二十八日泊双岛。二十九日，崇焕登岛岭，谒龙王庙。当晚，毛文龙至。
六月初四，袁崇焕颁东江三千五百七十五员名赏，军官每员自三两至五两，士兵每名一钱。并将饷银十万两发于东江。袁崇焕传徐旗鼓王副将谢叁将商谈。随后要命令毛文龙，今后旅顺以东公文用毛文龙印，以西用袁崇焕印。又命令制定东江营制，同时命令准备收复镇江旅顺。毛文龙均不同意。
六月初五，袁崇焕传东江各兵登岸，较射给赏。毛文龙问“袁崇焕何日行”。袁崇焕云：“宁远重地，来日行。今邀贵镇岛山盘桓，观兵角射。”又说：“来日不能踵拜，国家海外重寄，合受余一拜。”交拜毕，登岛山。谢叁将暗传合营兵，四面密布，将文龙于随行官百余员，绕围内，兵丁截营外。袁崇焕询问毛文龙随行各官姓名，俱曰姓毛。毛文龙曰：“俱是敞户小孙。”袁崇焕曰：“岂有俱姓毛之理似尔等如此好汉，人人可用。我宁前官兵，俸粮多于尔等，倘然不能深饱暖。尔等海外劳苦，每月领米一斛，且家人分食此米，言之可为痛心。尔等亦受我一拜，为国家出力，此后不愁无饷。”各官垂泣叩首。
随后对文龙说：“余节制四镇，严海禁者，恐天津莱登，受心腹之患。今设东江饷部，钱粮由宁远运来，亦无不便。昨与贵镇相商，必欲取道登莱，又议移镇，定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，稽兵马钱粮，俱不见允。岂国家费许多钱粮，终置无用余披沥肝胆，讲至三日。望尔回头是岸，谁知尔狠子野心，欺诳到底，目中无我犹可，圣夫子英武天纵，国法岂能相容”说完，向西请命，缚毛文龙，去冠裳。毛文龙尚倔强，不肯就擒。袁崇焕又说：“尔疑我为书生，不知我乃朝廷一员大将。随即颁布毛文龙十二条罪名,并对东江各官说：“毛文龙如此罪恶，尔等以为应杀不应杀若我屈杀文龙，尔等就来杀我”。来官俱相对失色，叩首哀告。毛文龙语塞，叩首乞生。袁崇焕说：“尔不知国法久了，若不杀尔。东江一块土，以非皇上有也。”请尚方剑，合水营都司赵不歧，何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑斩毛文龙首级于帐前。又令将毛文龙首级，备好棺木安葬。围外兵丁汹汹，见袁崇焕兵严整，不敢犯。
崇焕又谕东江各官云：“今日斩文龙一人，以安海外兵民，乃杀人安人，尔等照旧供职，复原姓，为国报効，罪不及尔。”后分东江兵二万八千为四协,用文龙子承祚管一协，用旗鼓徐敷奏管一协。其余二协，东江各官举游击刘兴祚，副将陈继盛二员分管。将带来饷银十万，分给各岛官民,令冯旗鼓，往旅顺宣抚。又令将毛文龙将剑，东江事权，让陈继盛代管。谕毕,离岛登舟,发牌晓谕，安抚各岛军民。檄承祚偿所欠各商银两,差官查岛中寃狱，并抢来各商船只。俱即发商人洪秀等。
六月初六，备祭礼，到文龙棺前拜祭。云“昨日斩尔，乃朝廷**，今日祭尔，乃我辈私情”。遂下泪，各将官俱下泪戚叹。
六月初九，往旅顺，官军迎，宣谶毕，扬帆以归。袁督师计斩毛文龙始末
崇祯虽然不满袁崇焕先斩后奏杀死毛文龙，但由于毛文龙曾经两次带兵到山东抢掠钱粮，狂言“牧马登州，取南京如反掌”，劣迹斑斑，又在给皇太极的书信中说：“汗凡有旨来，我皆领受，无不遵行”，“尔取山海关，我取山东，若从两面夹攻，则大事可定矣”，“尔牵兵前来，我为内应，如此则取之易如反掌”，已经有投敌的趋势，崇祯自己也对毛文龙早有不满，认为毛文龙“通夷有迹”，故而对毛文龙之死甚喜，对袁督师斩毛文龙嘉谕倍至。
据明季北略记载：“辽民苦虐于北，时欲窜归中朝，归路甚艰，百计疾走，数日方抵关，文龙必掩杀之，以充虏报功，是其大恶。又骄恣，所上事多浮举，索饷又过多，朝论多疑而厌之，以方握重兵，又居海岛中，莫能难也。崇焕初斩文龙，上甚喜，嘉谕倍至。”
明末时事小说镇海春秋则把袁崇焕杀毛文龙说成是袁崇焕与后金议和的条件之一，并被当时的一些史书传抄，但在袁崇焕与后金往来的书信中并没有与此相关的内容。
史学大家孟森认为：
“毛文龙东江之兵，始以朝廷无的饷而借口通商，以违禁物与敌为市，敌乃大得其助，而崇焕治兵，请管东江之饷，而文龙拒之，以与敌通市为利，又不欲以领饷而暴露其兵额也。崇焕斩文龙，编制其兵，核实其饷，东江正可有为，乃身即被戮，毛兵亦无所依赖，自相屠杀，相率降清。论者又以此为崇焕之罪，不以为杀崇焕者之罪，至今尚纠纷不已，是用揭之。”
孟森明史讲义
著名历史学家李光涛曾经痛骂给毛文龙翻案的清朝遗民、伪满洲国大汉奸罗振玉：
“癸酉，即民国二十二年，罗氏因从来不用中华民国纪年，所以只书癸酉。九一八事变日寇成立伪组织，罗氏尝为首任十大臣之一，以其衰老之年，犹为此无耻之事，其以毛文龙之“通敌叛国”为伟功，以叛徒孔耿等之屠杀同胞篇佐命之勋，亦无足异矣。毛文龙通敌原书，载明清史料，姑勿论罗氏曾否见之，即如金梁之满洲老档，云己毛文龙私通之事，亦大胳可见，此书出版较早，罗氏当亲见之，彼又尝手编坐史料丛刊，其中亦截有毛文龙种种罪恶，彼皆不肯征信，独信此至东江遗书一书，且又摭拾由来一贯之浮言，妄毛文龙有功之状，其为“贼贼相护”有意淆乱是非之心理显然可知矣。”
李光涛论罗振玉刊东江遗事
历史学家阎崇年认为：
“袁崇焕杀毛文龙，是为了统一事权，是为了抗金大业，除掉了骄横不法，抗拒议和、跋扈一方的毛文龙，对明朝是有利的，袁崇焕杀毛文龙体现了大智、大勇。”
阎崇年明亡清兴六十年
崇祯二年1629年十月，发生“己巳之变”，皇太极率数万清兵绕道蒙古，以避开忠于明朝的山海关总兵赵率教的防区。10月27日突破大安口，至11月初连陷遵化、三屯营，巡抚王元雅、总兵朱彦国自尽。京师震动而戒严，同时诏令各路兵马勤王关。蓟辽督师袁崇焕对后金此举，已有所料。为此，袁崇焕曾正式向崇祯皇帝上疏，说：“若顺天等处，则听督抚为政，臣不敢越俎而议者也。”崇祯二年五月十六日到吏部事兵部呈于兵科抄出之钦命出镇行边督师蓟辽等处兵部尚书臣袁崇焕谨题为乞汰冗官以纾国用等事说得很清楚，蓟门比较薄弱，应当设重兵把守。不仅如此，袁崇焕又上了一道奏疏，说：“惟蓟门陵京肩背，而兵力不加。万一夷为向导，通奴入犯，祸有不可知者。”因为宁锦防线坚固，皇太极打不破，就会以蒙古为向导，突破长城，来威胁北京。
“九月己丑，袁崇焕以清兵欲西，先请驻宁远增戍关门，至是遣参将谢尚政等往备。顺天巡抚都御史王元雅曰：此虗警耳。遣其众归，师果不出。”崇祯实录卷二
“崇焕随奏：臣守宁远，寇被臣创，决不敢侵犯臣界。只有遵化一路守戍单弱，宜於彼处设一团练总兵。遂以王威为请。兵部以王威新奉部劾，不肯即予，留难移时。”石匮书后集
盖崇焕自任复辽，殚精拮据；甫及期年，锦宁一带，壁垒改观。正拟器械马匹，稍有头绪，决计渡河，惟虑蓟门单弱，请宿重兵。已特疏言之，再疏催之。白冤疏
但是，袁崇焕的两次上疏，都没有引起崇祯皇帝的足够重视，派出的援军也被遣回。不幸的后果被袁崇焕言中了。
崇祯二年即天聪三年1629年十月二十六日，八旗军东、西两路，分别进攻长城关隘龙井关、大安口等。时蓟镇“塞垣颓落，军伍废弛”，后金军没有遇到任何强有力的抵抗，顺利突破长城，于三十日，兵临遵化城下。遵化在京师东北方向，距离京师300里。十一月初一日，京师戒严。
袁崇焕一面进行总体部署，一面阻截后金军南进，其措施是：
第一，遵化阻截。因为皇太极的军队突破了龙井关和大安口，直接指向遵化，遵化是京东的重镇，袁崇焕想把后金的军队阻截在这里，他急令平辽总兵赵率教率四千兵马，驰救遵化。他率部急驰三昼夜，行350里，到达遵化以东的三屯营。但三屯营总兵朱国彦不让入城，赵率教只好纵马向西，驰向遵化。十一月初四日，赵率教率援军至遵化城外，与后金贝勒阿济格等所部满洲左翼四旗及蒙古兵相遇，误入埋伏，中箭坠马，力战而亡，全军覆没。赵率教战死，是明军的重大损失，袁崇焕失去了最得力的大将，失去了救援京师的最佳时机。
第二，蓟州阻截。袁崇焕于十一月初五日，督总兵祖大寿、副将何可纲等率领骑兵，亲自疾驰入关，保卫北京。至此，袁崇焕在关外的三员大将赵率教、祖大寿、何可纲，全部带到关内，可见袁崇焕已经下定决心，不惜任何代价，誓死保卫京师。初十日，袁军驰入蓟州。蓟州是横在遵化与通州之间的屏障，距离北京东郊通州约140里。袁军在蓟州阻截，“力为奋截，必不令越蓟西一步”崇祯长编卷二八。皇太极曾两次败在袁崇焕手下，这次就没有同袁崇焕军队硬碰，而是从东北方向通过顺义往通州进发。这样袁崇焕在蓟州拦截皇太极军队的计划又落空了。
第三，通州阻截。通州离北京只有40里，袁崇焕紧急率领军队往通州进发，力图把皇太极军队拦截在通州。十二月初一日，袁崇焕的军队到达河西务。河西务在天津和北京之间，大约离北京120里。这时候皇太极军队已接近通州，他揣测到了袁崇焕的军事意图，不打算在通州跟袁崇焕决战，而是取道顺义、三河绕过通州，直奔北京。这样，袁崇焕在通州拦截的军事意图又落空了。
袁崇焕在河西务举行军事会议，议商进取。会上，副总兵周文郁提出：“大兵宜趋敌，不宜入都。且敌在通州，我屯张家湾，相距十五里，就食河西务，敌易则战，敌坚则乘，此全策也。”明史纪事本末补遗就是说，未奉明旨，不宜入京袁崇焕说：“周君言是。弟恐逆奴狡诈异常，又如蓟州，显持阴遁，不与我战。倘径通都城，则从未遇敌之人心，一旦动摇，其关系又不忍言”。“君父有急，何遑闲暇他恤苟得济事，虽死无憾。”周文郁边事小纪卷一
之后，袁崇焕率领九千关宁铁骑，日夜兼驰，行120里，由间道急奔，抢在皇太极之前，于十九日抵达北京外城广渠门外。其实，袁崇焕统兵入蓟时，明朝官员中就传说他有引导后金兵进京之嫌，故崇祯帝下令袁崇焕不得越蓟州一步，而他竟然毫无察觉。现在他又擅自率部进京。所以，从他抵达京师的那一刻起，袁崇焕实际上已经身陷腹背受敌的局面，只是他还不很清楚，或者根本顾不得关注自己。同时，明大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄率兵，也来到北京城德胜门外扎营。
第二天，即十一月二十日，八旗军兵临北京城下。明朝北京保卫战即将开始。
袁崇焕率领关宁九千骑兵，于十一月十九日，赶在皇太极之前驰抵京师城下。第二天，保卫京师的战斗就打响了。
京门初战首先在德胜门外打响，城外明军，主要是大同总兵满桂和宣府总兵侯世禄的勤王部队，皇太极亲率大贝勒代善和贝勒济尔哈朗、岳讬、杜度、萨哈廉等，统领满洲右翼四旗，以及右翼蒙古兵，向满桂和侯世禄的部队发起猛攻。城上明兵，发炮配合，但误伤满桂官兵，满桂身上多处负伤，带败兵一百多人在城外关帝庙中休整。第二天，守军打开德胜门的瓮城，供满桂的残兵休养。
就在德胜门之战的同一天，广渠门也发生激战。后金由莽古尔泰率满洲左翼四旗及蒙古兵二千往击袁崇焕军，此时袁崇焕、锦州总兵祖大寿率九千关宁铁骑屯沙窝门外。这场广渠门大战，九千关宁铁骑血战数万八旗军及蒙古兵，自巳巳正10时至酉酉正18时，炮鸣矢发，激战8小时，转战10余里。战斗中，一敌军抡刀砍袁崇焕，适傍有材官袁升高以刀架隔，刃相对而折。莽古尔泰箭如雨下，袁崇焕身中数箭，两肋如猬，赖有重甲不透。由于袁崇焕身先士卒，拼死力战，关宁铁骑倍奋砍杀，莽古尔泰军被击败。袁崇焕部将游击刘应国，罗景荣，千总窦浚等，直追敌军至运河边。敌军忙迫拥渡，冰陷，淹没者无数。此一战，关宁铁骑杀敌千计，清军劲旅阿巴泰、阿济格、思格尔三部都被击溃。
这一役之后，清兵众贝勒开会检讨。皇太极的七哥阿巴泰按军律要削爵。皇太极说：“阿巴泰在战阵和他两个儿子相失，为了救儿子，才没有按照预定的计划作战，然而并不是胆怯。我怎么可以定我亲哥哥的罪”便宽宥了他。可见这一仗清军败得很狼狈。
十一月二十日，袁崇焕又用乡导任守忠策，以五百火炮手，潜往海子，距皇太极军营里许，四面攻打，皇太极军大乱，随移营出海子。
明朝遗民谈迁的史学巨著国榷记载：
「辛末，召象乾及
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的阿敏前后夹击。
天启七年四月，也是“丁卯之役”战况正激之时，蓟辽总督阎鸣泰上奏折，称颂魏忠贤的功德，并要求在宁远、前屯两地为魏忠贤修建生祠，作为下属的袁崇焕也只得联名上奏。大明熹宗实录记载“蓟辽总督阎鸣泰巡抚袁崇焕疏送魏忠贤生祠”。
编辑本段宁锦大捷
天启七年即天聪元年1627年五月初六日，后金皇太极，以“明人于锦州、大凌河、小凌河筑城屯田”，没有议和诚意为藉口，亲率数万军队，谒堂子，出沈阳，举兵向西，进攻宁远锦州。
十一日，后金军至锦州，距城一里，四面扎营布兵，将锦州城包围。时明太监纪用、总兵赵率教驻锦州，负责筑城、守城。当后金兵将至时，左辅等人，撤入锦州，凭城固守。皇太极得报后，传令攻城。后金兵攻城数日，伤亡惨重，别无所获。
十六日，明辽东巡抚袁崇焕派人送给纪用、赵率教的书信被后金兵截获，内称“调集水师援兵六七万，将至山海关，蓟州、宣府兵亦至前屯，沙河、中后所兵俱至宁远。各处蒙古兵，已至台楼山”云云。皇太极信以为真，即收缩围锦兵力，聚集于城西，以防明援师。
至二十六日，后金军已围城15日不克，人马疲惫士气低落。
二十七日，后金军分兵为两部：一部继续留驻锦州，在锦州城外凿三道濠，加以包围；另一部由皇太极率领官兵数万，往攻宁远。
辽东巡抚袁崇焕提出：“坚壁固垒，避锐击惰，相机堵剿。”总督蓟辽、兵部尚书阎鸣泰题奏：“今天下以榆关为安危，榆关以宁远为安危，宁远又依抚臣为安危，抚臣必不可离宁远一步。而解围之役，宜专责成大帅。”此奏，得旨：“宁抚还在镇，居中调度，以为后劲。”朝廷为确保宁远，不允许袁崇焕亲自率领援兵，前往救援；而令满桂、尤世禄、祖大寿等率军一万，驰援锦州。
二十八日，辽军与后金军在宁远城，展开激烈的攻守战。袁崇焕列重兵，阵城外，背依城墙，迎击强敌。皇太极欲驰进掩击，贝勒阿济格也欲进战；大贝勒代善、二大贝勒阿敏、三大贝勒莽古尔泰“皆以距城近不可攻，劝上勿进，甚力”。天聪汗皇太极对于三位大贝勒的谏止，怒道：
“昔皇考太祖攻宁远，不克；今我攻锦州，又未克。似此野战之兵，尚不能胜，其何以张我国威耶”
明辽军与后金军两支骑兵，在宁远城外展开激战，矢镞纷飞，马颈相交。明总兵满桂身中数箭，坐骑被创，尤世威的坐骑也被射伤；后金贝勒济尔哈朗、萨哈廉及瓦克达俱受伤。两军士卒，各有死伤。
明军骑兵战于城下，炮兵则战于城上。袁崇焕亲临城堞指挥，“凭堞大呼”，激励将士，齐力攻打。参将彭簪古以红夷大炮击碎八旗军营大帐房一座，其他大炮则将“东山坡上奴贼大营打开”，后金军伤亡重大。明太监监军刘应坤奏报称：“打死贼夷，约有数千，尸横满地”。后金贝勒济尔哈朗、大贝勒代善第三子萨哈廉和第四子瓦克达俱受重伤，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死。蒙古正白旗牛录额真博博图等也战死。后金军死伤甚多，尸填濠堑。
二十九日，后金天聪汗皇太极率军撤离宁远，退向锦州。
辽东巡抚袁崇焕欣喜地奏道：
“十年来，尽天下之兵，未尝敢与奴战，合马交锋。今始一刀一枪拚命，不知有夷之凶狠骠悍。职复凭堞大呼，分路进追，诸军忿恨此贼，一战挫之，满镇之力居多。”
皇太极攻宁远不克，又转攻锦州。
先是二十八日，当后金兵在宁远城下激战之时，锦州的明兵趁后金军主力西进、势单力弱之机，突然大开城门，蜂拥冲杀出来，攻向后金大营，予敌一定杀伤。稍获初胜之后，迅即撤退回城。后锦州战报送到皇太极手里，他感到宁、锦前后、腹背受敌，不得不迅速从宁远撤军。
六月初三日，皇太极向锦州城发起进攻。
初四日，皇太极攻城不下，遂命撤军回营。明总兵赵率教疏报：此役后金兵伤亡“不下二三千”。明镇守太监纪用奏报：“初四日，奴贼数万，蜂拥以战。我兵用火炮、火罐与矢石，打死奴贼数千，中伤数千，败回贼营，大放悲声。”
初五日，凌晨，天聪汗皇太极从锦州撤军。
初六日，辽东巡抚袁崇焕上锦州报捷疏言：
“孰知皇上中兴之伟烈，师出以律，厂臣帷幄嘉谟，诸臣人人敢死。大小数十战，解围而去。诚数十年未有之武功也”
宁锦之战，后金军攻城，明辽军坚守，凡二十五日，宁远与锦州，以全城而结局。明人谓之“宁锦大捷”，载入中国战争史册。
熹宗崩，崇祯即位，魏忠贤被诛。朝臣纷请召袁崇焕还朝。崇祯元年1628年四月崇祯任命袁崇焕兵部尚书兼右副都御史，督师蓟﹑辽，兼督登﹑莱﹑天津军务。七月袁崇焕入都，十四日崇祯帝召见平台。袁崇焕慷慨陈词，计划以五年时间恢复辽东，并疏陈方略，皇帝大喜，袁崇焕复奏掣肘，袁崇焕奏曰“以臣之力治全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里。嫉能妒功夫岂无人即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱岂臣谋”。崇祯纪事二十四日崇祯赐崇焕尚方宝剑，便宜行事。袁崇焕疏谢并陈方略,崇祯赠蟒玉银币,崇焕辞莽玉不受。
袁崇焕于崇祯二年1629五月二十五日自北汛口开洋出海，经大王山风中岛松木岛小黑山大黑山猪岛蛇岛虾蟆岛，二十八日泊双岛。二十九日，崇焕登岛岭，谒龙王庙。当晚，毛文龙至。
六月初四，袁崇焕颁东江三千五百七十五员名赏，军官每员自三两至五两，士兵每名一钱。并将饷银十万两发于东江。袁崇焕传徐旗鼓王副将谢叁将商谈。随后要命令毛文龙，今后旅顺以东公文用毛文龙印，以西用袁崇焕印。又命令制定东江营制，同时命令准备收复镇江旅顺。毛文龙均不同意。
六月初五，袁崇焕传东江各兵登岸，较射给赏。毛文龙问“袁崇焕何日行”。袁崇焕云：“宁远重地，来日行。今邀贵镇岛山盘桓，观兵角射。”又说：“来日不能踵拜，国家海外重寄，合受余一拜。”交拜毕，登岛山。谢叁将暗传合营兵，四面密布，将文龙于随行官百余员，绕围内，兵丁截营外。袁崇焕询问毛文龙随行各官姓名，俱曰姓毛。毛文龙曰：“俱是敞户小孙。”袁崇焕曰：“岂有俱姓毛之理似尔等如此好汉，人人可用。我宁前官兵，俸粮多于尔等，倘然不能深饱暖。尔等海外劳苦，每月领米一斛，且家人分食此米，言之可为痛心。尔等亦受我一拜，为国家出力，此后不愁无饷。”各官垂泣叩首。
随后对文龙说：“余节制四镇，严海禁者，恐天津莱登，受心腹之患。今设东江饷部，钱粮由宁远运来，亦无不便。昨与贵镇相商，必欲取道登莱，又议移镇，定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，稽兵马钱粮，俱不见允。岂国家费许多钱粮，终置无用余披沥肝胆，讲至三日。望尔回头是岸，谁知尔狠子野心，欺诳到底，目中无我犹可，圣夫子英武天纵，国法岂能相容”说完，向西请命，缚毛文龙，去冠裳。毛文龙尚倔强，不肯就擒。袁崇焕又说：“尔疑我为书生，不知我乃朝廷一员大将。随即颁布毛文龙十二条罪名,并对东江各官说：“毛文龙如此罪恶，尔等以为应杀不应杀若我屈杀文龙，尔等就来杀我”。来官俱相对失色，叩首哀告。毛文龙语塞，叩首乞生。袁崇焕说：“尔不知国法久了，若不杀尔。东江一块土，以非皇上有也。”请尚方剑，合水营都司赵不歧，何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑斩毛文龙首级于帐前。又令将毛文龙首级，备好棺木安葬。围外兵丁汹汹，见袁崇焕兵严整，不敢犯。
崇焕又谕东江各官云：“今日斩文龙一人，以安海外兵民，乃杀人安人，尔等照旧供职，复原姓，为国报効，罪不及尔。”后分东江兵二万八千为四协,用文龙子承祚管一协，用旗鼓徐敷奏管一协。其余二协，东江各官举游击刘兴祚，副将陈继盛二员分管。将带来饷银十万，分给各岛官民,令冯旗鼓，往旅顺宣抚。又令将毛文龙将剑，东江事权，让陈继盛代管。谕毕,离岛登舟,发牌晓谕，安抚各岛军民。檄承祚偿所欠各商银两,差官查岛中寃狱，并抢来各商船只。俱即发商人洪秀等。
六月初六，备祭礼，到文龙棺前拜祭。云“昨日斩尔，乃朝廷**，今日祭尔，乃我辈私情”。遂下泪，各将官俱下泪戚叹。
六月初九，往旅顺，官军迎，宣谶毕，扬帆以归。袁督师计斩毛文龙始末
崇祯虽然不满袁崇焕先斩后奏杀死毛文龙，但由于毛文龙曾经两次带兵到山东抢掠钱粮，狂言“牧马登州，取南京如反掌”，劣迹斑斑，又在给皇太极的书信中说：“汗凡有旨来，我皆领受，无不遵行”，“尔取山海关，我取山东，若从两面夹攻，则大事可定矣”，“尔牵兵前来，我为内应，如此则取之易如反掌”，已经有投敌的趋势，崇祯自己也对毛文龙早有不满，认为毛文龙“通夷有迹”，故而对毛文龙之死甚喜，对袁督师斩毛文龙嘉谕倍至。
据明季北略记载：“辽民苦虐于北，时欲窜归中朝，归路甚艰，百计疾走，数日方抵关，文龙必掩杀之，以充虏报功，是其大恶。又骄恣，所上事多浮举，索饷又过多，朝论多疑而厌之，以方握重兵，又居海岛中，莫能难也。崇焕初斩文龙，上甚喜，嘉谕倍至。”
明末时事小说镇海春秋则把袁崇焕杀毛文龙说成是袁崇焕与后金议和的条件之一，并被当时的一些史书传抄，但在袁崇焕与后金往来的书信中并没有与此相关的内容。
史学大家孟森认为：
“毛文龙东江之兵，始以朝廷无的饷而借口通商，以违禁物与敌为市，敌乃大得其助，而崇焕治兵，请管东江之饷，而文龙拒之，以与敌通市为利，又不欲以领饷而暴露其兵额也。崇焕斩文龙，编制其兵，核实其饷，东江正可有为，乃身即被戮，毛兵亦无所依赖，自相屠杀，相率降清。论者又以此为崇焕之罪，不以为杀崇焕者之罪，至今尚纠纷不已，是用揭之。”
孟森明史讲义
著名历史学家李光涛曾经痛骂给毛文龙翻案的清朝遗民、伪满洲国大汉奸罗振玉：
“癸酉，即民国二十二年，罗氏因从来不用中华民国纪年，所以只书癸酉。九一八事变日寇成立伪组织，罗氏尝为首任十大臣之一，以其衰老之年，犹为此无耻之事，其以毛文龙之“通敌叛国”为伟功，以叛徒孔耿等之屠杀同胞篇佐命之勋，亦无足异矣。毛文龙通敌原书，载明清史料，姑勿论罗氏曾否见之，即如金梁之满洲老档，云己毛文龙私通之事，亦大胳可见，此书出版较早，罗氏当亲见之，彼又尝手编坐史料丛刊，其中亦截有毛文龙种种罪恶，彼皆不肯征信，独信此至东江遗书一书，且又摭拾由来一贯之浮言，妄毛文龙有功之状，其为“贼贼相护”有意淆乱是非之心理显然可知矣。”
李光涛论罗振玉刊东江遗事
历史学家阎崇年认为：
“袁崇焕杀毛文龙，是为了统一事权，是为了抗金大业，除掉了骄横不法，抗拒议和、跋扈一方的毛文龙，对明朝是有利的，袁崇焕杀毛文龙体现了大智、大勇。”
阎崇年明亡清兴六十年
崇祯二年1629年十月，发生“己巳之变”，皇太极率数万清兵绕道蒙古，以避开忠于明朝的山海关总兵赵率教的防区。10月27日突破大安口，至11月初连陷遵化、三屯营，巡抚王元雅、总兵朱彦国自尽。京师震动而戒严，同时诏令各路兵马勤王关。蓟辽督师袁崇焕对后金此举，已有所料。为此，袁崇焕曾正式向崇祯皇帝上疏，说：“若顺天等处，则听督抚为政，臣不敢越俎而议者也。”崇祯二年五月十六日到吏部事兵部呈于兵科抄出之钦命出镇行边督师蓟辽等处兵部尚书臣袁崇焕谨题为乞汰冗官以纾国用等事说得很清楚，蓟门比较薄弱，应当设重兵把守。不仅如此，袁崇焕又上了一道奏疏，说：“惟蓟门陵京肩背，而兵力不加。万一夷为向导，通奴入犯，祸有不可知者。”因为宁锦防线坚固，皇太极打不破，就会以蒙古为向导，突破长城，来威胁北京。
“九月己丑，袁崇焕以清兵欲西，先请驻宁远增戍关门，至是遣参将谢尚政等往备。顺天巡抚都御史王元雅曰：此虗警耳。遣其众归，师果不出。”崇祯实录卷二
“崇焕随奏：臣守宁远，寇被臣创，决不敢侵犯臣界。只有遵化一路守戍单弱，宜於彼处设一团练总兵。遂以王威为请。兵部以王威新奉部劾，不肯即予，留难移时。”石匮书后集
盖崇焕自任复辽，殚精拮据；甫及期年，锦宁一带，壁垒改观。正拟器械马匹，稍有头绪，决计渡河，惟虑蓟门单弱，请宿重兵。已特疏言之，再疏催之。白冤疏
但是，袁崇焕的两次上疏，都没有引起崇祯皇帝的足够重视，派出的援军也被遣回。不幸的后果被袁崇焕言中了。
崇祯二年即天聪三年1629年十月二十六日，八旗军东、西两路，分别进攻长城关隘龙井关、大安口等。时蓟镇“塞垣颓落，军伍废弛”，后金军没有遇到任何强有力的抵抗，顺利突破长城，于三十日，兵临遵化城下。遵化在京师东北方向，距离京师300里。十一月初一日，京师戒严。
袁崇焕一面进行总体部署，一面阻截后金军南进，其措施是：
第一，遵化阻截。因为皇太极的军队突破了龙井关和大安口，直接指向遵化，遵化是京东的重镇，袁崇焕想把后金的军队阻截在这里，他急令平辽总兵赵率教率四千兵马，驰救遵化。他率部急驰三昼夜，行350里，到达遵化以东的三屯营。但三屯营总兵朱国彦不让入城，赵率教只好纵马向西，驰向遵化。十一月初四日，赵率教率援军至遵化城外，与后金贝勒阿济格等所部满洲左翼四旗及蒙古兵相遇，误入埋伏，中箭坠马，力战而亡，全军覆没。赵率教战死，是明军的重大损失，袁崇焕失去了最得力的大将，失去了救援京师的最佳时机。
第二，蓟州阻截。袁崇焕于十一月初五日，督总兵祖大寿、副将何可纲等率领骑兵，亲自疾驰入关，保卫北京。至此，袁崇焕在关外的三员大将赵率教、祖大寿、何可纲，全部带到关内，可见袁崇焕已经下定决心，不惜任何代价，誓死保卫京师。初十日，袁军驰入蓟州。蓟州是横在遵化与通州之间的屏障，距离北京东郊通州约140里。袁军在蓟州阻截，“力为奋截，必不令越蓟西一步”崇祯长编卷二八。皇太极曾两次败在袁崇焕手下，这次就没有同袁崇焕军队硬碰，而是从东北方向通过顺义往通州进发。这样袁崇焕在蓟州拦截皇太极军队的计划又落空了。
第三，通州阻截。通州离北京只有40里，袁崇焕紧急率领军队往通州进发，力图把皇太极军队拦截在通州。十二月初一日，袁崇焕的军队到达河西务。河西务在天津和北京之间，大约离北京120里。这时候皇太极军队已接近通州，他揣测到了袁崇焕的军事意图，不打算在通州跟袁崇焕决战，而是取道顺义、三河绕过通州，直奔北京。这样，袁崇焕在通州拦截的军事意图又落空了。
袁崇焕在河西务举行军事会议，议商进取。会上，副总兵周文郁提出：“大兵宜趋敌，不宜入都。且敌在通州，我屯张家湾，相距十五里，就食河西务，敌易则战，敌坚则乘，此全策也。”明史纪事本末补遗就是说，未奉明旨，不宜入京袁崇焕说：“周君言是。弟恐逆奴狡诈异常，又如蓟州，显持阴遁，不与我战。倘径通都城，则从未遇敌之人心，一旦动摇，其关系又不忍言”。“君父有急，何遑闲暇他恤苟得济事，虽死无憾。”周文郁边事小纪卷一
之后，袁崇焕率领九千关宁铁骑，日夜兼驰，行120里，由间道急奔，抢在皇太极之前，于十九日抵达北京外城广渠门外。其实，袁崇焕统兵入蓟时，明朝官员中就传说他有引导后金兵进京之嫌，故崇祯帝下令袁崇焕不得越蓟州一步，而他竟然毫无察觉。现在他又擅自率部进京。所以，从他抵达京师的那一刻起，袁崇焕实际上已经身陷腹背受敌的局面，只是他还不很清楚，或者根本顾不得关注自己。同时，明大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄率兵，也来到北京城德胜门外扎营。
第二天，即十一月二十日，八旗军兵临北京城下。明朝北京保卫战即将开始。
袁崇焕率领关宁九千骑兵，于十一月十九日，赶在皇太极之前驰抵京师城下。第二天，保卫京师的战斗就打响了。
京门初战首先在德胜门外打响，城外明军，主要是大同总兵满桂和宣府总兵侯世禄的勤王部队，皇太极亲率大贝勒代善和贝勒济尔哈朗、岳讬、杜度、萨哈廉等，统领满洲右翼四旗，以及右翼蒙古兵，向满桂和侯世禄的部队发起猛攻。城上明兵，发炮配合，但误伤满桂官兵，满桂身上多处负伤，带败兵一百多人在城外关帝庙中休整。第二天，守军打开德胜门的瓮城，供满桂的残兵休养。
就在德胜门之战的同一天，广渠门也发生激战。后金由莽古尔泰率满洲左翼四旗及蒙古兵二千往击袁崇焕军，此时袁崇焕、锦州总兵祖大寿率九千关宁铁骑屯沙窝门外。这场广渠门大战，九千关宁铁骑血战数万八旗军及蒙古兵，自巳巳正10时至酉酉正18时，炮鸣矢发，激战8小时，转战10余里。战斗中，一敌军抡刀砍袁崇焕，适傍有材官袁升高以刀架隔，刃相对而折。莽古尔泰箭如雨下，袁崇焕身中数箭，两肋如猬，赖有重甲不透。由于袁崇焕身先士卒，拼死力战，关宁铁骑倍奋砍杀，莽古尔泰军被击败。袁崇焕部将游击刘应国，罗景荣，千总窦浚等，直追敌军至运河边。敌军忙迫拥渡，冰陷，淹没者无数。此一战，关宁铁骑杀敌千计，清军劲旅阿巴泰、阿济格、思格尔三部都被击溃。
这一役之后，清兵众贝勒开会检讨。皇太极的七哥阿巴泰按军律要削爵。皇太极说：“阿巴泰在战阵和他两个儿子相失，为了救儿子，才没有按照预定的计划作战，然而并不是胆怯。我怎么可以定我亲哥哥的罪”便宽宥了他。可见这一仗清军败得很狼狈。
十一月二十日，袁崇焕又用乡导任守忠策，以五百火炮手，潜往海子，距皇太极军营里许，四面攻打，皇太极军大乱，随移营出海子。
明朝遗民谈迁的史学巨著国榷记载：
「辛末，召象乾及
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